Förbundsmötet är organisationens högsta beslutande organ och hålls varje år i maj. Här avgör man vilka frågor förbundet ska koncentrera sitt arbete på, väljer ledamöter till förbundsstyrelsen och fattar beslut om exempelvis stadgeändringar, ekonomi och medlemsavgifter. Alla avdelningar representeras av sina valda ombud. Enskilda medlemmar kan också påverka genom att skicka in motioner (förslag). Så här skriver du en motion.

Förbundsstyrelsen är Musikerförbundets styrande organ. Den leder verksamheten mellan förbundsmötena och ser till att de beslut som fattas där förverkligas. Hälften av ledamöterna väljs vartannat år.

Musikerförbundets förtroendemannaorganisation utgörs av medlemmarna, som alla tillhör en lokalavdelning. I varje avdelning finns en avdelningsstyrelse som bedriver regionalt fackligt arbete. Här utses även ombud till förbundsmötet.

Vid behov hålls ordförandekonferenser där lokalavdelningarnas ordföranden diskuterar aktuella frågor.

Till sin hjälp har medlemmarna och förbundsstyrelsen ett kansli med anställda tjänstemän som bedriver förbundets verksamhet.